As vazões naturais afluentes são calculadas a partir das informações de vazões defluentes (turbinadas e vertidas) médias diárias ou de intervalos de tempos menores, que são fornecidas pelos Agentes de Geração, nos tempos de viagem médio da água, que são calculados entre os aproveitamentos e a topologia dos sistemas de reservatórios de aproveitamentos hidrelétricos.

Considera-se também, neste cálculo, a retirada do efeito da evaporação líquida a partir dos valores de evaporação líquida e dos valores de nível d’água dos reservatórios no início e no final do intervalo de tempo considerado. Esses valores são fornecidos também pelos Agentes de Geração, além disso, são levadas em conta as curvas Cota-Área dos reservatórios de Hidrelétricas, com isso, a expressão para a reconstituição da vazão natural pelo método do balanço hídrico é representada pela seguinte equação.